ipc

IPC

IPC (Isotopic Pattern Calculator) は、 与えられた化学組成式から同位体の質量スペクトルを計算します。 計算結果は gnuplot を用いてグラフ表示することができます。

(右図をクリックすると大きく表示します。)

作者: Dirk Nolting さん
ホームページ: http://isotopatcalc.sourceforge.net/
バージョン: 1.1 (2001/09/11)
ライセンス: GPL
付属ドキュメント README を読む

使い方

インストールしたら、 適当なターミナル・エミュレータから

$ ipc -c "CCl4"

のように オプション -c の後に計算したい組成式を指定して 起動します。結果はつぎのようになります。

M= 151.875420, p= 3.218328e-01, rel. Int.= 77.165917%
M= 152.878770, p= 3.612442e-03, rel. Int.= 0.866156%
M= 153.872460, p= 4.170660e-01, rel. Int.= 100.000000%
M= 154.875810, p= 4.681396e-03, rel. Int.= 1.122459%
M= 155.869500, p= 2.026798e-01, rel. Int.= 48.596584%
M= 156.872850, p= 2.274999e-03, rel. Int.= 0.545477%
M= 157.866540, p= 4.377577e-02, rel. Int.= 10.496124%
M= 158.869900, p= 4.913652e-04, rel. Int.= 0.117815%
M= 159.863580, p= 3.545588e-03, rel. Int.= 0.850126%
M= 160.866940, p= 3.979778e-05, rel. Int.= 0.009542%

Number of  permutations: 10
Computing time: 0 seconds.

gnuplot でプロットするには

$ ipc -c "CCl4" -g tetra

のように オプション -g でプロット用に作成するファイル名を指定します。 作成されるファイルは、この例ではプロット用データファイル tetra および gnuplot のコマンドファイル tetra.gnu です (プロットでは強度が 0.01% 以下はカットされます)。 実行例はこのページ先頭のスクリーンショットを見てください。

実行後に再度プロットするには

$ gnuplot tetra.gnu

のようにします。

IPC の作者は oligopeptide の研究をされているようで、オプション -a を使ってアミノ酸を 1 文字の略記号で指定することができます (オプション -c の併用もできます)。 この場合、オプション -s を指定すると組成式を表示するので、便利です。

$ ipc -a GW -s

Chemical formula: C13 H15 N3 O3 

M= 261.111340, p= 8.479478e-01, rel. Int.= 100.000000%
M= 262.108380, p= 9.447176e-03, rel. Int.= 1.114122%
M= 262.114700, p= 1.237323e-01, rel. Int.= 14.591971%
M= 262.115560, p= 1.019985e-03, rel. Int.= 0.120289%
M= 262.117620, p= 1.272049e-03, rel. Int.= 0.150015%
M= 263.111730, p= 1.378529e-03, rel. Int.= 0.162572%
M= 263.115590, p= 5.099927e-03, rel. Int.= 0.601443%
M= 263.118050, p= 8.333068e-03, rel. Int.= 0.982734%
M= 263.118910, p= 1.488360e-04, rel. Int.= 0.017552%
M= 263.120970, p= 1.856170e-04, rel. Int.= 0.021890%
M= 264.115080, p= 9.284057e-05, rel. Int.= 0.010949%
M= 264.118940, p= 7.441798e-04, rel. Int.= 0.087762%
M= 264.121400, p= 3.429628e-04, rel. Int.= 0.040446%

Number of  permutations: 8960
Computing time: 1 seconds.

(permutations の 8960 は、14 * 16 * 4 * 10 ですが、分かりますか?)

IPC は、分析装置の分解能を直接には考慮しませんが、オプション -d で質量の小数点以下の桁数を指定することができます (指定しない場合のデフォルトは 5 桁です)。 指定の桁数で同じ値になる質量ピークは一つにまとめられ、強度は加算されます。

インストール

LinuxMLD 5,6,7 用の RPM ipc-1.1-1_mlb1.i386.rpm (20,108 bytes) をインストールします。
rpm コマンドでインストールするにはスーパーユーザになって

# rpm -i ipc-1.1-1_mlb1.i386.rpm

とします。
MLD 5,6 では Gnome の GUI でインストールすることもできます。

パッケージの更新履歴

[2001/12/08] ipc-1.1-1_mlb1.i386.rpm
ipc-1.1 にアップデート。元素テーブルに P, Si が追加されました。 グルタミン酸 (略号 E) の組成の誤りが訂正されました。

その他

指定できる元素 (データが用意されている元素) は H, C, N, O, F, Na, P, Si, S, Cl, Ni, Br, I です。 同位体のデータファイルは /usr/share/ipc/elemente です。 追加方法は同じディレクトリの ADDING_ELEMENTS に説明があります。

参考

Web 上の参考になるページを御紹介します。

質量分析計について

同位体のデータ (GPeriodic のページも参照してください。)

[2001/08/01 作成] [2004/03/26 更新]


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