Chemtoolの起動は アクティビティ->アプリケーション を表示される「Chemtool」を起動します。
ターミナルから起動する場合は、
$ chemtool
で起動します。
起動時は、画面上部にあるツールメニューで ６角形をした Draw at 0/30/60/90 degree angles ツールが選択された状態になっています。 この状態で、キャンバス上で左ボタンを押すと時計の文字版のように 円形に並んだ点が現れ、そのままドラッグして点に近づくとその点に Snap します。またドラッグを開始するときに近くにすでに線があればその端が 新しい線の端になります。この機能を使ってベンゼン環などが簡単に描けます。
描いた線の上で中ボタンでクリックすると線の種類 (Bond) が順に切り替わります。 右ボタンでクリックすると線を削除できます。
Tools メニューで Templates ダイアログを表示したり、 分子量の計算などができます。分子量の計算は cht という別プログラムになっていて単独で使うこともできます (man page が用意されています)。
描いた図を保存 (Save) するときは、拡張子として .cht を付けておくとよいでしょう。このときのファイル形式は Chemtool 独自の形式ですが、Import 機能を使うと MOL や PDB 形式のファイルを読み込むことができます。
その他、 OpenBabel がインストールされていれば OpenBabel がサポートする様々なファイル形式を読み込むことができます。
MOL や PDB などのファイルを読み込むと、マウスカーソルの形が変わって、 マウス移動で読み込んだ構造の向き (X, Y, Z 方向) を変えることができます。 適当な位置でリターンキーを押すと 2D の図に変換されます。
Gtk-Message: Failed to load module "canberra-gtk-module"
Memory allocation problem (SIGSEGV) - dumping current drawing to file crashdump.
Debian8(64bit)上でChemtoolにMOLファイルをインポートしようとすると強制終了してしまう．
エラーを確認してみると "canberra-gtk-module"がロードできないとのことなので，
$ sudo apt-get install libcanberra-gtk-module
これでモジュールをインストールすると強制終了せずにMOLファイルがインポートできるようになる．
File → Export メニューでは、XFig 形式や LaTeX, EPS 形式等でファイルを出力できます。
transfig パッケージをインストールしていない場合は LaTeX、EPS での出力はできません。
Chemtoolはパッケージ: chemtool (1.6.14-1) をインストールします．
$ sudo apt-get install Chemtool
その他、必要なパッケージ
$ sudo apt-get install libcanberra-gtk-module
