Z-matrix Editor ``KUMI''

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• How to install it ?
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例えば分子軌道計算プログラム Gaussian94 などの様な、 多くの分子科学に関するプログラムを利用する場合に、 データとして分子の構造を入力しなければならない。 しかし構造を内部座標で表現する Z-matrix の形式で 分子を組み立てた場合に、 研究者が意図した構造を表現できているのかどうか、 慣れないとわかりにくい場合も多い。

そこで、 入力した Z-matrix に基づいて構造を表示しつつ 分子を組み立てることができるようにした、 Z-matrix Editor ``KUMI'' を作成した。

``KUMI''の特徴

• Unix/X11 上で動作し、Motif ライブラリを用いたアプリケーション であるので、動作環境に対する制限がほとんどない。
• グラフィカルユーザインターフェース (GUI) を持ったマルチウィンドウ型の アプリケーションであるので、コンピュータの初心者にも利用が容易である。
• Z-matrix を入力して分子を組み立て、構造をグラフィック表示する。
• 構造パラメータにラベルを用いることができる。
• 表示されている分子を任意に回転・拡大縮小して、 その構造を確認することができる。
• Z-matrix やラベルの変更を分子の立体構造に即時に反映して表示するので、 入力データが意図した構造を表現しているのかどうかを、 視覚的に確認しながら作業ができる。
• 作成した分子構造のデータは、分子科学計算プログラム Gaussian 94 および MOPAC の入力データ形式でファイルに出力できる。

図: Z-matrix Editor ``KUMI'' を使用中の画面。

Platform

動作環境

プログラム ``KUMI'' 自体は Unix/X11 ベースのワークステーション上で動作する。 GUI のために Motif ウィジットセットを用いている。

現在のところ、

• owani8 (弘前大学総合情報処理センター: UP4800, 汎用サーバ: Unix SVR4)
• picasso (弘前大学総合情報処理センター: COMTEC4D, 画像処理システム: IRIX)
• PC-UNIX の動作している AT互換機 (FreeBSD/XFree86)

利用環境

• 上記のような X Window System が動作しているコンピュータ
• X 端末
• パーソナルコンピュータ (Windows または Mac など) と その上の X-server ソフト (eXodus や MI/X など)

How to get it ?

いわゆる著作権は放棄しない。

本プログラムの最新版は、ここで公開している。

• 公開1.1版 ソース [20010117], (ドキュメント 付き)
• FreeBSD 2.x 実行形式 (static link, gzip圧縮)

これまで配布されていたテスト版 (α版, β版) の再配布は禁止する。 公開版の方を利用していただきたい。

公開版については、 学術目的の利用のための再配布や改変を積極的に認める。 改変の内容を報告を希望する。 再配布には上記 URL に置いてあるパックケージした ソースプログラム全部とドキュメントを そのまま一括してあつかうこと。 無許可での商業利用や他の商品への添付は禁止する。

本プログラムを研究に利用しその成果を公表する場合には、 次のものを参考文献として記すこと。 (ソースに同梱のドキュメントを投稿予定)

宮本量, 弘前大学総合情報処理センター広報誌 HIROIN, No. 13, (1999), p. 27.

How to install it ?

``KUMI''のインストール手順は以下の通り。

FreeBSD 3.x, 4.x 以上で (ELF な) バイナリを作る場合。

1. tar + gzip したアーカイブパッケージをほどく。
2. kumi/ で make する。(`.' を path に含めておく)
3. root になって make install する。
4. KUMI.Template が /usr/local/share/kumi/ に置かれるので, そこを環境変数 KUMIDIR にセットする。

パッケージに同梱の FreeBSD 2.x 用のバイナリ (aout 形式でライブラリも 静的にリンク) をそのまま使う場合。

1. tar + gzip したアーカイブパッケージをほどく。
2. kumi/bin/kumi-s-1.0-freebsd2.x を パスの通っているところに置く。
3. KUMI.Template を適当なディレクトリに置き, そこを環境変数 KUMIDIR に セットする。

その他の Unix like システムで kumi を make して使う。

1. tar + gzip したアーカイブパッケージをほどく。
2. kumi/ で make する。(`.' を path に含めておく)
3. root になって make install する。
4. KUMI.Template が /usr/local/share/kumi/ に置かれるので, そこを環境変数 KUMIDIR にセットする。

• 現在のところ動作確認されたシステムは, FreeBSD, Linux, IRIX, SVR4 (NEC EWS, UP シリーズ) など。
• X11, Motif 2.x のグラフィックライブラリとヘッダファイル類が必要である。 Motif は商用ですので, PC-UNIX には標準装備されていません。市販品を購入 するか, Open Motif をインストールする。Lesstif (Motif 1.2 相当) では 動作しない。

How to use it ?

詳しくは、ソースに同梱のドキュメントを参照のこと。 (PS ファイル, gzip 250kB, 図を含むので大きい)

操作の基本的な流れは、 メインメニューからサブウインドウを開いて Z-matrix を入力したり 分子を表示したりして作業を進める。 表示された分子は向きを変えて任意の方向から見ることができる。 また Z-matrix のデータを変更すると、 その結果が表示されている構造に反映される。 このため、入力した Z-matrix によって 意図した構造の分子を組み立てることができているのかどうかを、 視覚的に確認しながら作業を進めることができる。

マウスでクリックしてメニューを選ぶ代わりに、 キーボードからも操作できる。 プルダウンメニューを開くのには [ALT]+<key> で、 その後は <key> を押せばよい。 たとえば [Edit]-[Z-matrix] ならば [ALT]+e z と順にキーを押せば、 Z-matrix の入力編集ウインドウが開く。 または、[ALT]+e でプルダウンメニューを開いた後、 矢印キーで Z-matrix の項目を選択してから [Enter] または [Space] を押すと ウインドウが開く。

To send comments

連絡先は、

     宮本 量
     弘前大学 理工学部 物質理工学科
     rmiya@cc.hirosaki-u.ac.jp

Updating history

2001-01-17 (1.1)

ソースファイルを CVS 管理に移行, ディレクトリ構成の変更, config.sh に Linux + openmotif のエントリ追加, FreeBSD で Motif ライブラリを static link したものを作らないことにした。 プログラムのソースには変更ありません。

1999-12

ようやく ドキュメント文書が, 「宮本量, 弘前大学総合情報処理センター広報誌 HIROIN, No. 13, (1999), pp 27-41.」 として印刷公表されました。

1998-03-31 (1.0)

テンプレートの名前を`KUMI.Template'にしました。
H9年度の情報処理センターの研究開発ということなので、 H10年度当初に公開版とします。

1998-02-06 (b2)

Z-matrix edit Window において、テンプレート機能により、 置換基をいっぺんに作ることができるようにしました。 テンプレートデータのファイル `Template' が存在するディレクトリを 環境変数 KUMIDIR で設定してください。
また、この文書が印刷公表されるのは、HIROIN-11 ということになりそうです。 (情報処理センターの研究開発の成果の報告は H10 年度の広報誌で、 という約束なのです。)

1998-01-21 (pre-b2)

やっぱり Route section の取り扱いがおかしかった。 マニュアルをちゃんと読んでないのがバレバレですね。 (Thanks to 大森@千葉大)

1998-01-20 (pre-b2)

Gaussian 形式のファイルへの読み書きについて、 Link0 section, Route section, Job Title section の取り扱いに不備があった。 (Thanks to 大森@千葉大)